薬園大神の分霊を新宮内の神殿に奉斎し、薬園の名を冠して命名されたのが創始と云われております。翌年に今のお旅所の地、清澄荘薬園に遷座され、延徳三年（１４９１）には現社地に鎮祀されました。
聖武天皇天平年間に悪疫が流行して諸民の多くを苦しめましたが、天皇は深く憂慮し諸国の神祗に幣を奉じて祈祷し、宇佐八幡大神の託宣を承って平城京南の薬園の地、塩の庄の野山に生ずる薬草を湯薬として疫民に与えたところ、治ったそうです。これにより奈良朝の施薬院は起こり、典薬寮の薬園はここから始まったとされています。
神楽殿復元工事
平成18年に築300年近くなる神楽殿の大改修工事を行いました。
授与所新築工事
妻側のそり上がった重厚な照り屋根が社寺建築の特徴で風格づけています。桧材の白木の木地と白壁の調和が、新築ならではの美しさを表しています。